Ekologické zemědělství (EZ) se dlouhodobě koncentruje hlavně v horských a podhorských oblastech, kde se nachází 90 procent všech takto hospodařících farem. Významné je v českém EZ postavení chovu masného skotu, kdy počty krav bez tržní produkce mléka v EZ představují
více než polovinu všech takto chovaných krav - konkrétně 54,5 %. Podle zatím poslední
ročenky EZ zveřejněné tento týden se ekologicky hospodařilo na 558 124 hektarech, což odpovídá 15,7 % zemědělské půdy. Ačkoliv nová SZP tlačí na zvýšení podílu EZ až na úroveň 25 %, dotační pravidla tomu často příliš nepomáhají (viz například podmínka pro úhory, který budou nově vyčlenit i ekologičtí zemědělci).